Vào tháng 11 năm 1958, chính phủ Đệ Nhất Cộng hòa Việt Nam tổ chức các đợt đày tù nhân chính trị (tù nhân "loại A" hay còn gọi là "tù Cách mạng") ra Côn Đảo. Do biển động, tàu không ra được vùng biển Vũng Tàu - Côn Đảo nên chuyến đi phải hoãn lại.[cần dẫn nguồn]

Theo thông tin từ phía Việt Nam Dân chủ Cộng hòa, vào ngày 30 tháng 11 năm 1958, nhà tù được cho là đã bỏ thuốc độc vào khẩu phần ăn của tù nhân khiến hàng trăm tù nhân bị trúng độc (đến ngày 1 tháng 12 năm 1958 số người tử vong đã lên đến hàng ngàn)[1]. Trước tình hình đó, tổ chức Đảng Cộng sản trong nhà tù vừa tổ chức tự cứu chữa cho tù nhân bị trúng độc, vừa đấu tranh tố cáo hành động này. Các tù nhân đã tung nóc nhà giam, chiếm đài phát thanh, dùng các tấm tôn cuộn thành loa lên tiếng tố cáo. Vụ việc lan truyền rộng khắp nơi, gây nên làn sóng căm phẫn không chỉ trong nước mà cả thế giới, cuối cùng nhà tù Phú Lợi buộc phải giải tán vào năm 1964.[2]